膜结构汽车棚遇到积水问题时，可以采取以下措施进行处理：

及时清理积水：在发现积水时，应立即清理，避免积水对膜结构造成压力和损坏。

加强排水系统：检查和清理排水系统，确保排水管道畅通，避免积水。

调整膜结构：如果积水问题较为严重，可以考虑调整膜结构的倾斜度，使积水能够顺利流出。

增加支撑结构：在膜结构汽车棚的顶部增加支撑结构，以增加膜面的坚固性和抗压能力，减少积水的可能性。

定期检查和维护：定期检查膜结构汽车棚的排水系统和膜面是否有损坏，及时修复和更换，以保持其正常使用。

总之，对于膜结构汽车棚遇到积水问题，及时清理积水、加强排水系统、调整膜结构、增加支撑结构以及定期检查和维护都是有效的处理方法。